伊曲康唑主要應用於深部真菌所引起的係統感染，如芽生菌病、組織胞漿菌病、類球孢子菌病、著色真菌病、孢子絲菌病、球孢子菌病等。也可用於念珠菌病和曲菌病。

伊曲康唑的臨床應用：

口服伊曲康唑用於治療淺表真菌感染：每日1次，每次0.1g～0.2g於餐時服，療程7或15日。甲癬病短程間歇療法；每次口服0.2g，每日2次，連服7日，停藥3周為一療程。指甲癬病按此法用2個療程；趾甲癬病則用3個療程。花斑糠疹、陰道念珠菌病、真菌性角膜炎：口服，每日1次0.2g，分別給藥5日、3日及3周。係統深部真菌感染：口服，開始每日0.2g，療效不佳時可加至每日0.4g，根據臨床和檢驗結果確定用藥期的長短。